1992年4月6日，绍兴博物馆举行隆重的奠基仪式。

1993年4月6日，绍兴博物馆举行隆重的开馆仪式。

1995年5月15日，中共中央总书记江泽民同志由省、市领导李泽民、万学远、鲁志强、纪根立等陪同来馆参观视察，并欣然在贵宾簿上挥毫题写了“江泽民，一九九五年五月十五日于绍兴博物馆”。中央政治局候补委员温家宝、中央办公厅主任曾庆红、中央军委委员傅全有上将等陪同参观。

1997年3月17日，在馆会议室召开二期工程中间结构验收会，经有关人员的实测，结构工程被评定为优良等级。

1997年9月22日，博物馆二期展厅装修工程全面完工。

1999年6月，绍兴博物馆纳入绍兴市文化旅游投资发展有限公司，从此以后全额拨款的事业单位实行企业化管理。

2009年5月，绍兴博物馆被国家文物局批准为国家三级博物馆。

2010年7月15日，绍兴博物馆新馆开馆。同日，绍兴建城2500年庆典活动在新馆举行。

2014年12月31日，绍兴博物馆正式划归绍兴市文物管理局。

2015年5月20日，绍兴博物馆成为“浙江美术馆流动美术馆合作单位”。

2017年9月22日上午，绍兴博物馆基本陈列“越地春秋——绍兴历史文化陈列”在绍兴博物馆开展。

2018年9月19日，绍兴博物馆被国家文物局批准为国家二级博物馆。

2018年9月20日，绍兴博物馆被授予 “中华优秀传统文化实践基地”称号。

2020年05月18日，绍兴博物馆举行理事会成立大会

2020年12月24日，绍兴博物馆成为浙江省博物馆学会志愿者专委会成员之一。

2021年1月25日，中共绍兴博物馆支部委员会被评为市直文广旅游系统优秀基层党组织。

2021年3月12日，绍兴博物馆理事会一届二次会议在绍兴博物馆召开。

2021年3月26日，省卫生城市创建绍兴博物馆党员支援服务社区。

2021年12月25日，由绍兴市文化广电旅游局主办，绍兴博物馆、湖南省博物馆承办的“青藤门下——湖南省博物馆藏齐白石珍品展”在绍兴博物馆临展二厅展出。本展览分为“一丘一壑自谓过之”“老萍自用我家法”“少年无此好红颜”“一花一叶扫凡胎”“脱离汉人窠臼”五个部分，展出湖南省博物馆珍藏齐白石的65件（套）绘画精品和10件印章。展陈采用3D打印技术，以现代科技生动地再现齐白石名画《墨虾》的意趣，带给观众别样的艺术体验。展览至2022年3月25日结束。

2022年1月1日，由绍兴博物馆与台州市博物馆共同举办的“兰亭的故事”全国巡展第四十四站在台州市博物馆临展厅展出。展览分为兰亭修禊、兰亭传奇、唐人摹本、宋代传本、名家临本和绍兴兰亭六个部分，以历代《兰亭序》著名摹本、临本为核心，精选部分重要的有影响的兰亭拓本，向观众讲述“兰亭的故事”。展览至2月27日结束。

2022年1月15日，由绍兴博物馆与桐庐县博物馆共同举办的“观音的故事”全国巡展第二站在桐庐县博物馆开展。本次展览分为“观音与佛教”“观音的故事”“观音信仰在海外”“观音信仰在绍兴”四个单元。展览至3月9日结束。

2022年1月19日，《线上绍博》实业救国播出，讲述近代中国煤炭石油工业奠基人——孙越崎。

2022年3月2日, 由浙江省文物局指导，浙江省博物馆学会、温州市文化广电旅游局（文物局）主办的首届“全省博物馆十佳展品说明牌推介活动终评会”在温州博物馆举办。绍兴博物馆选送的“圣贤之道——阳明的故事”全国巡展说明牌获得“优秀展品说明牌”奖项。

2022年3月8日，由绍兴市书法家协会主办，绍兴市妇女书法委员会承办的“春意梅心——绍兴女书家宋韵文化主题作品展”在绍兴博物馆临展一厅展出，本次展览共展出书法作品80多件，展览至3月15日结束。

2022年4月20日，由绍兴市文化广电旅游局主办、兰亭书会协办、绍兴博物馆承办的“翰墨传承——沙孟海祖孙三代书画作品展”在绍兴博物馆临展二厅展出，展览共展出沙氏三代书法和绘画作品60余件，展览至5月4日结束。

2022年5月10日，绍兴博物馆“文博课堂进校园 助推"双减"政策落地”项目入选2022年浙江省未成年人思想道德建设十件实事项目。

2022年5月18日，“畸人青藤——徐渭的故事”全国巡展第二站在安徽蚌埠市博物馆开展。本次展览分为畸行、畸文、畸艺、畸人四个部分。为配合展览，蚌埠市博物馆精选馆藏12件明清文房用具展出。展览至7月25日结束。

2022年5月18日，“风雅宋——最是宋韵在绍兴”文物大展在绍兴博物馆临展一厅、二厅展出。绍兴市委宣传部副部长、市文化广电旅游局党委书记、局长何俊杰，中共绍兴市委宣传部副部长、市文联主席杨颂周，浙江省文物考古研究所副书记罗汝鹏，杭州市宋韵文化研究中心专家委员会委员、办公室主任寿勤泽，绍兴文理学院人文学院党委书记、院长高利华，市文广旅游局相关处室、单位负责人等出席开展仪式，开展仪式由市文化广电旅游局党委委员、副局长潘永松主持。此次宋韵文物大展分为“宋城风韵”“皇陵余韵”“胜迹神韵”“名士和韵”“名篇清韵”“风物雅韵”6个单元，展出宋代瓷器、陶器、金器、银器、铜器、玉器，以及砖瓦、印章、钱币、碑刻拓片、古籍文献等各类文物332件（组），其中一级文物38件，浙江省文物考古研究所提供的宋六陵、兰若寺大墓最新考古发掘的文物近百件，70%以上的文物展品首次与观众见面。开展仪式上，戴葆庭钱币文化博物馆向绍兴博物馆捐赠了宋代钱币。绍兴博物馆与北海小学签订了“宋韵文化进校园”合作协议。展览至7月18日结束。

2022年5月20日，浙江省文物局公布了2022年“浙江省最具创新力博物馆”名单，全省仅3家，绍兴博物馆榜上有名。

2022年6月10日，第十六届（2021年度）浙江省博物馆陈列展览精品项目获奖名单正式揭晓，绍兴博物馆“畸人青藤——徐渭书画作品展”获全省博物馆陈列展览精品奖。

2022年8月26日，由绍兴市文化广电旅游局主办、绍兴博物馆承办、嵊州市文物保护中心协办的“会稽壁韵——汉六朝会稽砖精品展”在绍兴博物馆临展二厅展出。本次展览共展出汉六朝时期会稽砖约一百五十件和拓片七十幅，反映了汉六朝时期会稽地区政治、经济、社会文化等诸多方面。展览至9月26日结束。

2022年9月28日，由绍兴市人民政府主办的“高古奇骇——陈洪绶书画作品展”在绍兴博物馆（徐渭艺术馆）开展。浙江省文化和旅游厅一级巡视员柳河，浙江省文联书记处书记童颖骏，中国美术学院原副院长孟云生，浙江省博物馆馆长陈水华，绍兴市委常委、宣传部部长丁如兴，绍兴市委宣传部副部长、绍兴市文联主席杨颂周，绍兴市文旅集团董事长缪智勇等出席开展仪式并参观展览。绍兴市市委宣传部副部长、绍兴市文广旅游局局长何俊杰主持。绍兴博物馆携手故宫博物院、中国国家博物馆、中国国家图书馆、中国美术馆、上海博物馆、南京博物院等国内35家文博单位，汇聚展出陈洪绶书画作品、文献手稿、碑刻拓片，以及其师友和后学书画、版画、古籍等相关文物100件（组）。浙江省文旅厅、浙江省文联的有关领导，绍兴市及诸暨市有关部门领导，陈洪绶家乡代表，本次书画作品展参展博物馆（院）代表，省市书画界代表等共同参加了开展仪式。展览至12月20日结束。

2022年11月30日，由中共浙江省委宣传部指导，绍兴市人民政府、浙江省文物局主办，中共绍兴市委宣传部、市文化广电旅游局承办的“守望——两宋皇陵考古成果展”在绍兴博物馆临展一厅、二厅开展。这是绍兴南宋皇陵（宋六陵）与巩义北宋皇陵考古出土文物的首次联展。市委副书记、市长施惠芳，省文化和旅游厅党委委员、省文物局局长杨建武，市委常委、宣传部部长丁如兴，省文物考古研究所所长方向明，市政府秘书长王永明，省文物局文物保护与考古处处长杨文庆，省文物考古研究所副所长郑嘉励等出席开展仪式并参观展览。开幕式由绍兴市政府副市长胡敏主持。省文物考古研究所、市政府、市委宣传部、市文广旅游局、市文旅集团领导和相关处室负责人，以及绍兴和巩义两地博物馆界代表、文物考古领域专家代表、文史界代表等参加。展览分为“规制承继”“刻度承合”“匠心承韵”“护陵承继”4个部分11个单元，共展出两宋皇陵考古出土文物371件/套，其中，首次对外公开展出宋六陵三号和四号陵园最新考古发掘文物13件/套。展览至2023年2月28日结束。

2022年12月31日，全年观众参观人数为 147237人，绍兴博物馆+徐渭艺术馆参观总人数 19.8万人。

2024年5月18日，绍兴博物馆评为国家一级馆。